در سال 557 قمری فرمانروا نورالدین محمود بن زنگی مسجد غدیر بلوار معلم مشهد بن اقسنقر متوفی 569 هجری قمری از اتابکان شام بدنبال اندیشه از حفر زمین دور و بر مسجد ، جهت سرقت کردن جسد مطهر ! امر اعطا کرد تا محیط حجره را خندقی کنند و آن را با سرب پرسازند تا کسی توانمند به حفر کانال جهت ربودن جسد نباشد !
در سال های 667/680 قمری رکن الدین بیبرس از ممالیک مصر و از نوادر امراء مودب و فضیلت متوفی 725 قمری گوشه و کنار جدار مرقد و حجره ها را به ضریحی چوبی (دار بزین) که دارای سه درب جنوبی ، شرقی و غربی بوده ، محصور نمود .
این ضریح چوبی دارای سه متر مسجد غدیر فلاحی مشهد ارتفاع بوده که منتهی الیه آن به سقف مسجد نمی رسیده میباشد .
زین الدین مراغی پس از رکن الدین در سال 694 قمری ، مشبک چوبی را تا سقف مسجد مرتفع ایجاد کرد . بعد ها به سال 822 قمری این درب های چوبی به خیال و خاطر ساخت زحمت برای زائران و محدود کردن گوشه و کنار و فضای مسجدالنبی (صلی الله علیه وآله و سلم) گشوده شد .
در سال 678 قمری ملک منصور قلاوون از ممالیک بحری مصری یا به روایتی دیگر احمد بن استدلال عبدالقوی والی شهر قوص بالای حجره ، گنبدی بنا نهاد و آن را با لوح های سربی روکش نمود مسجد بابا غدیر مشهد تا مانع نفوذ آب باران گردد .
در سال 765 قمری اشرف ناصرالدین شعبان ثانی از ممالیک بحری لوح های سربی را بازسازی نمود .
در سال های 879/888 قمری ملک مسجد بابا قدرت مشهد اشرف قایتبای بعد از مرمت کامل حجره و تجدید بنای آن ، گنبدی رفیع بر حجره شریفه و گنبدی دیگر برفراز حجره فاطمه بنا نهاد .